企业在选择代理记账公司时，应综合考虑其专业资质、服务经验、服务质量、收费标准等因素。建议企业选择具有正规资质、经验丰富、服务优质、收费合理的代理记账公司进行合作。同时，双方应签订正式的服务合同，明确服务内容、范围、期限、费用等事项，以保障双方的权益。